(no subject)

[fossa_s]

Вчера на работе была классная лекция на тему deep sequencing (простите, не знаю как это называется на русском). Тема связана с персональной медициной, на которой я немного зациклена, но не только. Однако самое интересное, что себестимость DNA sequencing благодаря технологии второго поколения (а сейчас уже разрабатывается технология третьего поколения) достигла 100$, а цена на эту проверку на сайте медицинского центра Адаса - 2000$. Вот так. Пробую найти инфу о том, сколько это стоит за границей. Не собираюсь это делать, наверное, но просто интересно.

Comments

[sozdam-sustain.livejournal.com]

секвенирование генома прогрессирует, это да. читают уже легко, понимают пока немногое... однако полезное.

[fossa-s.livejournal.com]

В том-то и дело, что понимают уже достаточно. Женщина, которая делала лекцию, привела несколько примеров. Недавно в Европе была какая-то болезнь... В общем, за неделю установили, что ее вызывает E-coli, подцепивший какой-то патоген и нашли лекарство от этого. А без этого болезнь могла бы стать эпидемией. Сейчас можно любую мутацию быстро обнаружить даже по днк в крови. Можно синдром Дауна у зародыша определить по анализу крови матери. По-моему, неплохо.

[sozdam-sustain.livejournal.com]

Это все примеры обнаружения уже известных генов, даже европейская кишпалка (помню ее, да) была вариацией уже известной бактерии. Очень важное и полезное дело в здравоохранении, спору нет. А что касается науки... скажем, секвенировали и взялись расшифровывать полный человеческий геном - там неизвестного много больше, чем известного - транспозоны, всякие повторы, homeobox опять же очень мало исследован, сплошные белые пятна... хорошо хоть то, что понятие некодирующей ДНК потихоньку становится устаревшим.

[fossa-s.livejournal.com]

И неизвестных тоже. У них что-то вроде библиотеки, они ее пополняют.

[sozdam-sustain.livejournal.com]

это здорово - не только то, что пополняют, но и то, что результаты становятся дешевле и доступнее

[fossa-s.livejournal.com]

Это продвижение в сторону персональной медицины. Можно отслеживать изменения в своём ДНК и без биопсии определить рак на ранней стадии. И не только для человека можно выявить мутации, а для всего, что имеет ДНК, начиная от дыни, заканчивая вирусами.

Кстати, они не совсем ученые. Я не сказала, а должна была - они скорее бизнесмены. Я так поняла, что эта женщина из компании, которая производит чудесный прибор, который всё это делает. Суть не в научном прорыве, а технологическом.

Апд. Наврала я. Женщина, которая читала нам лекцию, начальница лаборатории для генетического сиквенсирования (так это называется?) в больнице Асаф а-Рофе. Видимо, у неё только материалы по прибору были с логотипом фирмы, которая его производит.

[sozdam-sustain.livejournal.com]

Да, персональная медицина должна быть доступна.
Микробиологи, что раньше были с нами по соседству, лет 5-7 назад вовсю секвенировали микробные геномы. Валерия мне тогда рассказывала, как она использует ПЦР, это конечно не самые новейшие достижения, но микробиологам эта лекция явно была особо интересна... однако хватит ли денег у гос. лаборатории на такой новейший прибор?

[fossa-s.livejournal.com]

Пока она недоступна.
ПЦР старая методика. В современном методе тоже есть этап амплификации, только более продвинутый (там пцр происходит в имульсии, в специальном масле, участки ДНК прикрепляются к бидам ("bead") и каждый бид находится в своём пузрьке). Но суть не в этом, а в приборе. Когда гены определяют электрофорезом в геле, их сравнивают с чем-то известным, верно? А здесь прибор видит каждое основание и устанавливает последовательность - не надо ни с чем сравнивать, можно определить что-то неизвестное. Скажем, это как стеклянная колонка, заполненная карбонатом кальция и новейший LCMS.
Мы, конечно, не будем такой прибор покупать...

[sozdam-sustain.livejournal.com]

Это здорово - читает последовательно по всем основаниям.
Далее - обратный процесс, последовательная сборка, с включением неприродных оснований. Синтетическая биология - Беннер, Роумсберг, ДНК с новыми основаниями и улучшенными свойствами.